Kuşadası, antik çağlarda Anadolu’nun Akdeniz’e açılan başlıca limanlarından biri idi. O devirde Neopolis adı ile anılıyordu. M.Ö. 7.yy.da başkentleri Sardes olan Lydialılar yöreye hakim olmuşlardır.

M.Ö. 546′da başlayan Pers hakimiyeti, M.Ö. 334′de Büyük İskender’in tüm Anadolu’yu ele geçirmesine kadar devam eder. Bundan sonra Anadolu’da Yunan medeniyeti ile yerli Anadolu medeniyetinin sentezi olarak yepyeni bir çağ, yepyenibir sanat ve kültür anlayışı hakim olur ve bu çağ “Helenistik Çağ” adı ile anılır. Efes, Milet, Priene ve Didim bu devrin en ünlü şehirleridir.

M.Ö. 2. yy.da Romalılar yöreye egemen oldular. Hristiyanlığın ilk yıllarında, Meryem Ana’nın ve havarilerinden St.Jean’ın Efes’e gelip yerleşmesiyle burası bir dini merkez haline gelir. Miletus da Hristyanlık çağında Piskoposluk merkezidir. Bizans Çağında “Ania” adı ile anılır. Kuşadası, ortaçağda korsanlar tarafından kullanılan bir liman olmuştur. 15.yy.da, Venedikliler ve Cenevizliler zamanında şehir “Scala Nuova” adını alır.

1086′da I. Süleymanşah’ın bölgeyi Selçuk Devleti’ne katmasıyla Türk egemenliği başlar. Bölge, bu devirde kervan yollarının Ege’ye açılan bir ihraç kapısı olmuştur. Ancak Selçuk Devleti’nin egemenliği 1. Haçlı Seferleri nedeniyle kısa sürdü ve yeniden Bizans’ın eline geçti. 1280′lerin sonunda Menteşeoğulları,1397-1402 arasında Osmanlıların egemenliğine girdi. 1402-1425 arası yeniden Aydınoğulları’nın eline geçtiyse de 1425′te Osmanlılar bölgeyi kesinlikle ele geçirir.

Kuşadası, 1413 yılında 1.Mehmet (Çelebi) tarafından Osmanlı egemenliğine katılmıştır. Bu tarihten sonra, şehir tamamen Türklerin elinde kalmış ve Türklerin yaptığı eserlerle dolmaya başlamıştır. Bunlardan bugünkü Kervansaray ve Kuşadası’nı çeviren surar, Mehmet Paşa tarafından yaptırılmıştır.

Surlarla çevrili şehre o zaman ancak üç kapıdan girilebilmekteydi. Bu kapılardan bir tanesi, Barbaros Hayrettin Paşa Caddesi ile Kahramanlar Caddesini birbirinden ayırmakta ve üst kısmı bugün Şehiriçi Trafik Bölge Amirliği olarak kullanılmaktadır. Diğer kapılar bugün mevcut değildir.

Küçükada, Bizanslılar için önemli bir askeri üs görevini yapan Güvercinada, 1834 yılında büyük bir yenilenme görmüş ve ünlü kalesi yapılmıştır. “Kuşadası” adı bu kaleden gelmektedir.

Kuşadası, Kurtuluş Savaşı’nda 1919-1921 yılları arasında İtalya’nın, onların çekilmesiyle Yunanistan’ın işgaline girdi ve 7 Eylül 1922′de düşman işgalinden kurtuldu.